芒种时节雨量充沛，气温显著升高。常见的天气灾害有龙卷风、冰雹、大风、暴雨、干旱等。
1、气温
在此期间，除了青藏高原和黑龙江最北部的一些地区，还没有真正进入夏季以外，大部分地区的人们，一般来说都能够体验到夏天的炎热。位于黑龙江北部的嫩江，在1971～2000年30年间，最热的一天37.1℃，就出现在芒种期间。
6月份，无论是南方还是北方，都有出现35℃以上高温天气的可能，黄淮地区、西北地区东部可能出现40℃以上的高温天气，但一般不是持续性的高温。在华南的台湾、海南、福建、两广等地，6月的平均气温都在28℃左右，如果是在雷雨之前，空气湿度大，确实是又闷又热，有时需要向公众发布高温预报，提醒人们预防中暑、空调病和急性肠胃炎。
2、雨量
芒种时节沿江多雨，黄淮平原也即将进入雨季，芒种前后若遇连阴雨天气及风、雹等，往往使小麦不能及时收割、脱粒和贮藏而导致麦株倒伏、落粒、穗上发芽霉变及“烂麦场”等，使眼看到手的庄稼毁于一旦。
芒种后，中国华南东南季风雨带稳定，是一年中降水量最多的时节，长江中下游地区先后进入梅雨季节，雨日多，雨量大，日照少，有时还伴有低温。
芒种时节，水稻、棉花等农作物生长旺盛，需水量多，适中的梅雨对农业生产十分有利；梅雨过迟或梅雨过少甚至“空梅”的年份作物会受到干旱的威胁。但若梅雨过早，雨日过多，长期阴雨寡照，对农业生产也有不良影响，尤其是雨量过于集中或暴雨还会造成洪涝灾害。
西南地区从6月份也开始进入了一年中的多雨季节。此时，西南西部的高原地区冰雹天气开始增多。